Verkmenntaskóli Austurlands starfar eftir áfangakerfi (sjá brauta-og áfangalýsingar) þ.e. að námsefni í einstökum námsgreinum er skipt niður í afmarkaða áfanga sem kenndir eru eina námsönn og lýkur með prófi eða öðru námsmati í annarlok.
Helstu markmið og jafnframt kostir áfangakerfisins eru að hver nemandi hefur verulegt frjálsræði til að velja sér námsefni og námshraða við hæfi, nám úr öðrum skólum nýtist vel og nemandinn er laus við ómarkvissa endurtekningu á fyrra námsefni.